Tabla de contenido
¿Qué es un hit para Blast?
Los hits son “palabras” idénticas. Los hits se unen y se extienden. Las extensiones se pueden unir si caen dentro de una franja diagonal.
¿Cómo alinear una secuencia de aminoacidos?
Las secuencias alineadas se escriben con las letras (representando aminoácidos o nucleótidos) en filas de una matriz en las que, si es necesario, se insertan espacios para que las zonas con idéntica o similar estructura se alineen. Secuencias muy cortas o muy similares pueden alinearse manualmente.
¿Qué es E Value en BLAST?
El e-value (Expect) es el número de alineamientos que esperamos para una puntuación (score) X (o superior) en la búsqueda que estamos realizando si la base de datos fuese una colección de letras al azar. El valor e-value dado por el blast depende de la base de datos empleada y de la longitud de la secuencia.
¿Qué es Nucleotide BLAST?
blastn compara una secuencia problema de nucleótidos contra una base de datos de secuencias de nucleótidos. blastx compara una secuencia problema de nucleótidos traducida en sus seis posibles marcos de lectura contra una base de secuencias de proteínas.
¿Dónde encontrar secuencias de ADN?
Bases de datos de secuencias
- Genbank. Genbank es una colección pública de secuencias de nucleótidos anotadas.
- Refseq. Refseq (Reference Sequence) es otra base de datos de nucleótidos mantenida por el NCBI.
- Uniprot. Uniprot es una base de datos de proteínas.
- PDB, Protein Data Bank.
- PubMed.
¿Qué es el BLAST y para qué sirve?
Sin embargo, BLAST es capaz de calcular la significación de sus resultados, por lo que nos provee de un parámetro para juzgar los resultados que se obtienen. Normalmente el BLAST es usado para encontrar probables genes homólogos.
¿Qué es la aplicación local de Blast?
La aplicación local de BLAST tiene la ventaja de que permite manejar varios parámetros que en las búsquedas de NCBI están estandarizados, por lo que provee una mayor flexibilidad para los usuarios avanzados. 1.1 Primera etapa: ensemillado o seeding.
¿Cuáles son los errores de anotación de Blast?
A pesar de que BLAST es un programa muy poderoso y casi siempre podemos confiar en sus resultados, se debe recordar que el programa es heurístico y por lo tanto puede que no encuentre la solución óptima. En la actualidad, el abuso y la pobre interpretación de los resultados de BLAST ha llevado a múltiples errores de anotación.
¿Cuál es la diferencia entre WU BLAST y WU BLAST?
Otra diferencia es la licencia, WU BLAST es software propietario y es gratuito solo para uso académico. A pesar de que BLAST es un programa muy poderoso y casi siempre podemos confiar en sus resultados, se debe recordar que el programa es heurístico y por lo tanto puede que no encuentre la solución óptima.